PDF
+) Распространённость читалки
-) Низкое сжатие при работе с графическими источниками. (Сканы переводить в пдф бессмысленно, тк вес почти не надает, а иногда и возрастает. Уж лучше постранично кинуть на форум или в архиве)
-) Лично мои проблемы с конвертацией изображений (например конвертер может часть страниц повернуть, тк это попадает под ЕГО логику книжной ориентации)
-) Низкая скорость работы как редактора, так и читалки. Сюда же впишу вечную галиматью с подстройкой масштаба при открытии документа.

DjVu
+) Сильная степень сжатия (Если есть нормальный исходник, то 10-20 сканов по 5-9 Мб на страницу превращаются в файлик весом меньше 1Мб, а то и вовсе 200-300 Кб).
+) Удобство читалки. Быстро работает. Никаких косяков с масштабом.
+) Удобный конвертер с предсказуемым результатом.
-) Отсутствие у большинства пользователей читалки. (Но постепенно этот минус сходит на нет. Вроде в последних версиях Оперы уже встроена дежавю-читалка)

На фоне этого выходит следующее:
1) Использовать ПДФ возможно только для более удобного представления различных текстовых файлов (маткад, офис и пр.).
2) Использовать ПДФ для сшивания лекций (сканы, фото) крайне неразумно. Файл из более чем 10 страниц вылезает за рамки 15 Мб, а это максимальный размер файла заливаемый на сайт.
Конспект за семестр чаще всего может перемахнуть планку в 100 Мб. Как распространять такие файлища - та еще проблема.
3) DjVu вполне удовлетворяет требованиям к формату электронной книги. Низкий вес и большая скорость работы, удобство - несомненный плюс для меня.
Претензии об отсутствии читалки я не принимаю (в обычном компьютере установлено минимум полсотни программ, уж найдите место еще одной)